לא לחינם נחשב מוזיאון ישראל למוזיאון הייצוגי של המדינה. מיקומו בבירה, הקרבה לכנסת ולקריית הממשלה, הארכיטקטורה, היכל הספר, גן הפסלים והנוף – כל אלה מבדילים אותו בבירור משאר המוזיאונים בארץ. הנראטיב של מוזיאון ישראל הוא, בלי ספק, היגד חשוב ביותר מבחינתה של התרבות הישראלית. וכאן, יותר מבכל מוזיאון אחר בארץ, היינו מצפים למצוא את הנראטיב הלאומי, לחוש את הדרמה הגדולה של עם ישראל – דרך פריטי האוספים, הממצאים הארכיאולוגיים, יצירות האמנות, כתבי היד ועושר המסמכים ההיסטוריים המעידים על אבני הדרך של הקיום היהודי.
אבל במקום לגבש תפישה תרבותית-היסטורית כלשהי, מוזיאון ישראל במתכונתו הנוכחית מתעלם מסיפור ההתפתחות של העם; במקום להציע קוהרנטיות, יוצר המוזיאון רצף של שברים. מן הכניסה למוזיאון ועד ליציאה ממנו דוחה מוזיאון ישראל, על כל שלוחותיו, את הנראטיב הכרונולוגי היהודי לטובת נראטיבים משניים: מהתפתחות הכתב היווני-רומי ועד להשוואות אמנותיות בין נרות השמן היהודיים לנוצריים. בכל המוזיאון אין אפילו אולם אחד שבו הרציפות ההיסטורית של עם ישראל היא הסיפור הקובע. מצב דברים זה נעוץ בתפישה המוותרת על ההקשר ההיסטורי הלאומי לטובת כרונולוגיה "אוניברסלית" – ארכיאולוגית או אמנותית – של הממצאים השונים, ובתוך כך מטשטשת את הזיקה הלאומית של המוצגים.
הכישלון המבני בתכנון המוזיאון כולו מחריף את הבעיה. בניתוח פשוט נגלה כי למעשה אין מדובר במוזיאון אחד מגובש, אלא בחמישה מוזיאונים נפרדים, בעלי נראטיבים עצמאיים ומנותקים לחלוטין, שפשוט מתקיימים במקביל תחת קורת גג אחת. כבר בכניסה לבניין הראשי של מוזיאון ישראל נדרש המבקר לבחור בין שלושה מסלולים: מימין דלת המובילה לאגף "אמנות העולם", ומשמאל מדרגות היורדות לשני אגפים נוספים, "יודאיקה" משמאל ו"הארכיאולוגיה של ארץ ישראל" ישר ממול. כל אחד מן המסלולים האלה הוא מעין תת-מוזיאון, שאינו תלוי באחרים, אינו קשור אליהם ואינו נפגש איתם לכל אורכו. גן הפסלים והיכל הספר הם עוד שני תת-מוזיאונים המנותקים באופן פיזי מהמבנה הראשי. תכנון התצוגות באופן זה מבטיח נתק מוחלט בין האמנות הישראלית (המצויה אי שם בין אמנות מזרח אסיה לאמנות המאה העשרים) ובין האמנות היהודית ה"אתנוגרפית" שבאגף היודאיקה. באותו אופן הוא מונע כל אפשרות לזיקה בין חפצי היודאיקה המאוחרים לבין אבות אבותיהם הפזורים באגף הארכיאולוגי, או בין מגילות קומראן שבהיכל הספר לפריטים יהודיים היסטוריים אחרים מאותה תקופה שהתגלו באתרים אחרים בארץ. ומה שחמור עוד יותר, חלוקה זו לקווים מקבילים אינה משאירה מקום במוזיאון כולו להצגתם של פריטים היסטוריים הנופלים בין תחום הארכיאולוגיה לאתנוגרפיה; כך, לא נמצא במוזיאון ישראל חלל טבעי לממצאים מממלכת כוזר וגם לא לפריטים מימי השבתאות; לא למוצגים מתקופת הקונגרסים הציוניים וגם לא לאלה מתקופת השואה או מראשית ימי המדינה. פריטים מסוג זה מוצאים לעתים את מקומם בתערוכות מתחלפות בבניין נפרד, בחלל תצוגה המנותק מכל רצף, ולכן חסר הקשר היסטורי ברור.
אגף היודאיקה עצמו חף מכל מוטיב כרונולוגי. לא בכדי ממליץ מסלול "הפנינים הנבחרות" של המוזיאון לעבור את אגף היודאיקה דווקא מן הסוף להתחלה. אין זה משנה כלל. מסתבר כי אוצרי המוזיאון אינם רואים חשיבות לסיפור התפתחותי בתחום זה, כך שניתן להציג את כל החנוכיות על קיר "חווייתי" אחד (ללא חלוקה כרונולוגית או גיאוגרפית), מולן את כל תיבות האתרוג, כלי הבשמים וכדומה. כיאה לתערוכה של פולקלור אתני, אוספי היודאיקה מסודרים לפי "שבת", "חגים", "חיי קהילה" וכדומה. יתר על כן, ישנן תקופות שמשום מה אינן מיוצגות כלל באגף זה. תחת הכותרת "אמנות יהודית" לא נמצא כאן פסיפס קדום מבית כנסת בעין גדי או ארון קודש גלילי מימי התלמוד, כשם שלא נמצא את עגלת הביכורים מקיבוץ דגניה, ששימשה לחגיגות חג השבועות בקיבוץ, יחד עם שאר הפריטים של "מחזור החגים". הנראטיב הסמוי כאן הוא סיפור "היהודי הנודד" (שבת, קהילה, בית כנסת – כמאפיינים של יהודי גלותי), המתקיים, מעצם הגדרתו, בבועה א-גיאוגרפית וא-היסטורית.
באופן דומה, אוסף המטבעות העתיקים של מוזיאון ישראל מוצג בתערוכה "לימודית" דווקא על השימוש בכסף – החל בקונכיות מצריות וכלה בכרטיסי אשראי – המובדלת במיקומה מכל שאר המוצגים מתחום היודאיקה או הארכיאולוגיה. וכך, מטבעות מתקופתו של בר כוכבא מופיעים בתצוגה המוכתרת בשם "כמה זה עולה", ומטבעות מבית הכנסת העתיק בגוש חלב נדחקים תחת הכותרת "פיחות". במקום להציג את המטבעות האלה בהקשר היסטורי נרחב יותר, אוצרי המוזיאון מצאו לנכון להציגם עם מוצגים הקשורים אליהם קשר אסוציאטיבי בלבד – כמו רישומו של רמברנדט "ישו מגרש את חלפני הכספים מבית המקדש". צורמת מכל בדידותו של מטבע "יהד", שהוא אולי המטבע העברי הקדום ביותר הנמצא בידינו (מן המאה ה-4 לפנה"ס), שנשאר זנוח בשולחן תצוגה המואר באור עמום בפינה של אגף הארכיאולוגיה, יחד עם מטבעות לא-עבריים מאותה תקופה, תחת הכותרת "מטבעות שהיו בשימוש בתקופה הפרסית".
בעוד שאגף היודאיקה מציב בשערו ארון קודש מהמאה השבע-עשרה, אגף "הארכיאולוגיה של ארץ ישראל" מקדם את פנינו בשרידי בקר פרהיסטורי המתפאר במוטת קרניים של כמעט שני מטרים. כבר מכאן אפשר להבין שלא נקלענו למסלול שנושאו הוא העניין היהודי. גם שמו של האגף אינו מקרי: זהו במידה רבה סיפורם של הארכיאולוגים, והנראטיב צמוד יותר לסיפור החפירות ופחות לתמונה ההיסטורית. בולטת העובדה כי משקלה של כל תצוגה משקף את היקף הממצאים בכל אתר ולא את חשיבותם ההיסטורית, והתצוגה כולה מסתיימת בצורה שרירותית בסוף פרק הזמן המעסיק את הארכיאולוגיה – לפני כאלף שנים. באגף זה מתעוררות השאלות הכבדות והנוקבות ביותר לגבי העקרונות המנחים של המוזיאון: להבדיל מאגפי האמנות או אפילו היודאיקה, שכמותם קיימים רבים בעולם, החלק הארכיאולוגי של מוזיאון ישראל הוא המקום היחיד שיכול היה לפרוש בפנינו את אוצרות הממצאים המתארים את הקיום היהודי לאורך הדורות כולם.
אולם אגף הארכיאולוגיה כולו צועק טשטוש שיטתי של כל משמעות היסטורית ביחס לממצאים. ראשית, בתקופה הכנענית – שכל ממצאי הכתב העברי הקדום, תקופת האבות וגלות מצרים הופרדו ממנה. שנית, בתקופת השופטים, המוזכרת אמנם בתכניית המוזיאון (סעיף 4 במסלול הארכיאולוגי), אך נעלמת לחלוטין מן התצוגה עצמה. גם מה שאמור להיות לפי תכניית המוזיאון "תקופת המלוכה בישראל" מתגלה כרצף של ממצאי חפירות מסדרת מקדשים זוטרים בפריפריה הרחוקה, בעוד שדוד ושלמה ועימם תקופת בית ראשון נעלמו כלא היו. באופן דומה מוצגים בתיבה המרכזית שלושה כנים פולחניים אליליים מתענך ומבית שאן, ולעומתם החרסים העבריים מערד והכתובות מעיר דוד מצטנעים בארונות הצדדיים. מאולם זה הורחקו גם כל המטבעות, ממצאי הכתב, החותמות ואפילו נרות השמן של התקופה לתצוגות נפרדות, במנותק מהסיפור הכרונולוגי, ולא נעשה ניסיון לשלב את חלקם לפחות במסגרת-על של תיאור חיי העם בתקופה הישראלית. אין גם כל אזכור לקיומן של כתובות גזר והשילוח, ולמאות הממצאים מהר הבית ומן העיר העליונה. גם אם לא ניתן לכלול את כל הממצאים במוזיאון, מן הראוי לאזכרם כדי להעמיד את התצוגה הקיימת בהקשרה הנכון.
העיוות נמשך גם באולם של תקופת בית שני, שהתצוגה שבו חסרה כותרת מוצהרת, כזו של אולמות אחרים, ודומה כי אין היא אלא המשך מקרי לחדר הקודם. מכל המוצגים האפשריים באולם שזהו נושאו, דווקא ראשו של אלכסנדר הגדול נבחר להקביל את פנינו בכניסה, ולא כתובת מתתיה, ציור מנורת המקדש, החנוכייה הקדומה בעולם או פרגמנט ממגילות ים המלח. בולטת מאוד העובדה כי בחלל קטן זה אין אף דיאגרמה, דגם או המחשה אחרת לגבי מהותה של התקופה, כדוגמת מפת הענק באולם "התרבויות השכנות".
המצב דומה גם לגבי תקופת המשנה והתלמוד. זו מוזכרת אמנם בתכניית המוזיאון, אך התצוגה עצמה מתייחסת לתקופה כ"רומית" בלבד. בתצוגה נפקד לחלוטין מקומו של מפעל הבנייה ההרודיאני העצום, ממערת המכפלה ועד ירושלים. חוסר הרגישות להיבט היהודי מגיעה לשיאה עם הצבת פסל של אדריאנוס קיסר רומי על גייסותיו כגיבור המרכזי של האולם (עם כל הזהירות בהשוואה, דמו בנפשכם תמונת ענק של אדולף היטלר בכניסה ליד ושם). לממצאים כדוגמת הקערות הארמיות מבבל אין זכר, ובהמשך מתברר כי ההתייחסות היחידה אל מאות בתי הכנסת מהתקופה היא בהשוואתם לאמנות הנוצרית – במקום, למשל, להציג את מפת פיזורם בכל הארץ, ולהעמיד זו מול זו את ישראל ובבל לפי הנראטיב המובהק של התקופה.
אך הפריטים המדגישים ביותר את התנערותו של האגף הארכיאולוגי מהנראטיב היהודי אינם אלה המוצגים בו, אלא דווקא אלה הנעדרים ממנו. למרבה הפלא, שורה ארוכה של האתרים החשובים ביותר לעם היהודי אינם זוכים לייצוג באגף, ולכן אינם מופיעים במוזיאון כולו: מצדה, גמלא, הרודיון ואפילו הר הבית. האם יצליח המבקר, שעבר זה עתה במסלול הארכיאולוגי מתחילתו עד סופו, לנחש שחלף על פני אלף שנים של מדינה יהודית בירושלים, וכמה מאות נוספות של יישוב יהודי בגליל ובגולן? דומה כי אין כל סיכוי לכך.
אותן התמיהות מלוות אותנו גם בהיכל הספר – גולת הכותרת של מוזיאון ישראל. למעשה, היכל הספר ממלא צורך מבני של המוזיאון מכיוון שכאמור, הנראטיב הארכיאולוגי לא השאיר מקום "טבעי" לכתבי יד עתיקים ואף לא לממצאי מרד בר כוכבא (כזכור, התקופה "הרומית" במפת המוזיאון). אך למרות עצמתו של ההיכל, אפילו תצוגה זו אינה מצליחה להימלט מהחולשות הבסיסיות של מוזיאון ישראל: הקשר בין המוצגים אינו כרונולוגי ("כתר ארם-צובה" מופיע ליד מגילה הקדומה ממנו באלף שנה), שום הסבר היסטורי אינו מלווה את הממצאים (מה הן כיתות ים המלח? מיהו בר כוכבא?), ודווקא בתוך ביתן אחד זה נוצר נתק מהותי בין מכתבי בר כוכבא, המוצגים בקומה העליונה, לבין שאר הפריטים הארכיאולוגיים ממערת נחל חבר. במסגרתו של מוזיאון לאומי אין ספק כי מוצגים מימי מרד בר כוכבא אין מקומם במרתף של היכל הספר; עליהם להופיע כחלק שאין להפרידו מן הרצף ההיסטורי הגדול של עם ישראל, באולם המרכז את ממצאי המרד, אחרי אולם הבית השני, ולפני אולם התלמוד והעם היהודי תחת האימפריה הביזנטית.