אין ספק כי הדרך שמתווה יונס בפילוסופיה של הביולוגיה וציווי האחריות שהוא גוזר ממנה משכנעים ביותר; הוא אף הפך למעין מורה דרך אינטלקטואלי עבור הוגי דעות רבים בתחום האתיקה הרפואית, הביולוגית והסביבתית. ואף על פי כן, ראוי להעלות כמה ספקות או הסתייגויות לנוכח משנתו.
ראשית, כפי שנוכחנו, למרות התעקשותו של יונס על כך שהחומר הלא־חי אדיש לכל תכלית, הוא גם הצביע על קיומו של פוטנציאל כמוס בטבע המביא להתפתחותם של חיים המתאפיינים במידה גוברת והולכת של התכווננות פנימה. אפשר לקבל כפשוטו את ניסוחו של יונס בנקודה זו, שהרי, ככלות הכל, יצורים חיים ובעלי תודעה אמנם מתקיימים בפועל. ובכל זאת מתקבלת התחושה שיונס מציע כאן גם מעין תשובה לשאלתו הישנה של לייבניץ, שהוחייתה בידי היידגר, "מדוע יש משהו ולא כלום?" ואמנם, נדמה שהגותו מזהה בטבע איזו איכות מיטיבה, העושה חסד עם הברואים. הוא כותב, ברוח זו, ש"העולם, באופן עקבי, מסביר פנים לחיים".
זוהי, ללא ספק, השקפה שובת לב, אולם היא אינה עולה בקנה אחד עם מה שידוע לנו על היקום שבו אנו חיים. תפיסה פחות רומנטית תזכור את ההכחדות ההמוניות שהתרחשו בעבר על פני כדור הארץ, את האיום המתמיד בכליה פתאומית המרחף מעל ראשנו ומעל ראשם של שאר האורגניזמים, ואת העובדה שמותה הבלתי נמנע של השמש שלנו, בעתיד הרחוק עד מאוד, לא יאפשר ממילא את המשך קיומם של חיים על פני הפלנטה. בקצרה, אם תכליתו של הטבע היא יצירת חיים, נדמה שהוא חותר בלהיטות רבה לא פחות להביא עליהם את הקץ. המסקנה העולה מנקודת המבט הזו היא שאתיקת האחריות שהציע יונס, התובעת מאתנו לקיים את סביבת המחיה שלנו כך שפעולותינו "לא יותירו בה חותם", חותרת בסופו של דבר נגד תכליתה שלה עצמה. שכן, אם חובתנו המוסרית היא לפעול להגנתם של החיים ושל הפוטנציאל לאינטליגנציה ולמודעות עצמית, טוב נעשה אם נפַתח טכנולוגיות שתאפשרנה לנו לשרוד את הקטסטרופה הבלתי נמנעת, במקום לנסות לשמר בכל מחיר סביבה אשר בסופו של דבר אינה באמת בת קיימא. נראה, אפוא, שגם אם ניתן להמליץ על היריסטיקת הפחד בכל הנוגע לבעיות קצרות טווח כמו זיהום, הרי שבסופו של דבר היא סותרת את קביעתו של יונס עצמו, שעל פיה הערך האתי הנעלה מכל הוא "התמדתם של החיים האנושיים האמיתיים".
ההסתייגות השנייה קשורה בטיבו ובהתפתחותו של הידע. יונס ציין ש"הוודאות הפרדוקסלית היחידה היא הוודאות בדבר אי־הוודאות", וזו הסיבה שהוא דחה בדין את המחשבה האוטופית. לנוכח אי־הוודאות הבלתי נמנעת, ביקש יונס להגביל את פעולותינו ולהכפיפן לאתיקה שאינה מבוססת על האוטונומיה של העצמי או על צורכי הקהילה - המוליכים בהכרח לרלטיביזם - אלא על "עיקרון שאפשר לגלותו בטבע הדברים".
ואולם, עמדה זו עדיין אינה פותרת את כל הבעיות הנובעות מאי־הוודאות של הידע ומהשלכותיה האתיות. עלינו לזכור, לדוגמה, שחלק ניכר מן הידע שלנו מתגבש בדרכים בלתי צפויות ובתגובה לבעיות חדשות. בשלהי שנות השישים ובראשית שנות השבעים, למשל, ניסה 'מועדון רומא', גוף שהורכב ממדענים, דיפלומטים ותעשיינים, להזהיר את האנושות מפני סכנת התפוצצות האוכלוסין. ברב־המכר שפרסמו חברי המועדון בשנת 1972, The Limits to Growth (גבולות הצמיחה), נטען שהגידול הלא־מרוסן של האוכלוסייה האנושית יוביל, אם יימשך בלא־הפרעה, לרעב המוני בעולם כולו. אותה אזהרה אפוקליפטית נשמעה גם מפיו של יונס:
ההצלחה הביולוגית… מאיימת על האנושות ועל הטבע בקטסטרופה חריפה ואדירת ממדים… הדמיון נחרד מפני התחזית למוות ולהרג המוניים… חוקי האיזון האקולוגי, המונעים במצבם הטבעי גידול יתר של מין יחיד כלשהו, עוכבו זמן רב בידי המיומנות האנושית אך יתבעו מחיר נורא יותר ככל שיוסיפו להידחק אל קצה גבול הסובלנות שלהם. ואחרי כל זה, אין לדעת כיצד תוכל שארית האנושות להתחיל בחיים חדשים על פני כדור הארץ החרֵב.
והנה, ארבעים שנה מאוחר יותר מאוכלס כוכב הלכת שלנו בשלושה מיליארד בני אדם נוספים, הנהנים, ככלל, מרמת חיים שהאנושות לא ידעה כמוה בעבר. בניגוד לתחזיות הקודרות, המין האנושי פיתח צורות חדשות של אנרגיה ושל חקלאות כדי להתמודד עם צרכים חדשים. העניין כאן איננו רק אי־הדיוק שבו לוקה יומרתנו "לדעת" מה יוכל כוכב הלכת שלנו לשאת בעוד כך וכך שנים, אף שגם בנקודה זו אנו מוצאים תכופות ודאות שגויה במקום שבו מתבקשת אי־ודאות ענווה. הבעיה האמיתית נעוצה בהשלכות המעשיות של היריסטיקת הפחד; בצעדים הננקטים כדי לשמר מה שנתפס כ"מצב הטבעי" של הדברים.
דוגמה לצעדים מעין אלה היא החתירה לצמצום האוכלוסייה באמצעות פיקוח על הילודה. לאור ההנחות המוסריות המדריכות את יונס עלינו לתהות: מה יהא על צלם האדם, היקר כל כך ללבו, אם ייאסר על רבים להוליד ילדים? עלינו לזכור גם שהגידול המואץ באוכלוסיית העולם, המפעיל לחץ על הביוספרה, נובע, בין היתר, מן השימוש בטכנולוגיות רפואיות חדשות המאפשרות לנו להאריך את חיינו. הגבלה מלאכותית של תוחלת החיים - רעיון שהיה מעביר בוודאי צמרמורת בגבו של יונס - אינה מצטיירת כמדיניות ההולמת את האידיאל של שימור צלם האדם. האם אין אנו אסירי תודה על האפשרות לחיות שנים רבות יותר, אף שהיא הושגה הודות ליכולות שיונס הוקיע כלאחר יד - בעקבות אסכולת היידגר - כתוצריה של "התכנית הבייקוניאנית לשליטה בטבע באמצעות הטכנולוגיה המדעית"? אין ספק כי יש בסיס לחששו של יונס מפני טכנולוגיה שאינה מכירה בגבולות כלשהם: הקִדמה המדעית והטכנולוגית יוצרת דילמות אתיות רבות, המחייבות דיון שקול ביותר. אבל האתיקה של יונס נסמכת על הנחה רעועה בדבר ודאות הידע המעוגן ב"סדר הטבעי" של הדברים.
תפיסתו האפוקליפטית של יונס את העידן המודרני לא הייתה הירושה הבעייתית היחידה שקיבל מזרם אינטלקטואלי ששגשג בגרמניה לאחר מלחמת העולם הראשונה; למרבה הצער, הוא הושפע גם מנטיותיו האנטי־דמוקרטיות של הזרם הזה. יונס פיתח חשדנות עמוקה כלפי רעיון הממשל הייצוגי וכלפי מסורת הדיון העומדת בבסיסו. הוא הטיל ספק ביכולתה של הדמוקרטיה הפרלמנטרית להתמודד עם הצרכים החדשים המתחייבים מאתיקת האחריות שלו. בסופו של דבר, הוא האמין ש"רק אליטה יכולה ליטול על עצמה, מבחינה אתית ואינטלקטואלית כאחת, אחריות לעתיד שאותו אנו חוזים בעיני רוחנו". יונס לא נרתע מן ההשלכות הפוליטיות של עמדותיו ביחס למה שיידרש כדי להתמודד עם אתגרי התקופה הנוכחית:
אולי המשחק המסוכן הזה של הונאת המונים ["השקר האציל" של אפלטון] הוא כל מה שתוכל הפוליטיקה להציע בסופו של דבר: מימוש עקרון הפחד במסווה של עקרון התקווה… אולי יידרש מקיאוולי חדש בשדה הזה - אשר ייאלץ, עם זאת, להציג את משנתו במסתרים.
ושוב ראוי לשאול את יונס: "אבל מה יהא אז על צלם האדם?" האם המושג הזה, הטעון כל כך במשמעות מוסרית, אינו מחייב אותנו להעדיף הסכמה שהושגה באופן כן וחופשי על פני שיתוף פעולה שהובטח באמצעות מניפולציה? דילמה זו מזכירה לנו שוב כי חרף הקסם הרב הטמון בעבודתו של יונס, היא מעוררת לא מעט סימני שאלה.
בשעה שפיתח את השקפותיו הפילוסופיות על הביולוגיה ואת האתיקה ההולמת אותן, הגה יונס גם בשאלות תיאולוגיות ופרסם מאמרים על מיתוסים ועל מיסטיקה, על גנוסיס, על אוריגנס ועל פלוטינוס. ב־1964 נשא את ההרצאה "היידגר ותיאולוגיה", שפורסמה מאוחר יותר בגרמניה ועוררה סערה. יונס הוקיע בפומבי את מחשבתו של היידגר כ"פגאנית מיסודה", וגינה את "כישלונה המהותי להציע קטגוריות מוסריות שתעמודנה כנגד התוצאות הרצחניות של הניהיליזם".
ואכן, ההתנגדות לניהיליזם עוברת כחוט השני בהגותו רבת־הפנים של יונס. בעבודתו המוקדמת הוא הפנה את תשומת הלב לדואליזם של הדת הגנוסטית, המבדיל בין חומר לרוח ומוקיע את העולם הגשמי. עבור הגנוסטים, החומר הוא יסוד זר לחיים, והעולם אינו אלא בית כלא לרוח. לכן, מבחינתם, הטבע נטול כל ערך מוסרי בפני עצמו. יונס טען שהאקזיסטנציאליסטים המודרניים המשיכו את המסורת הגנוסטית הזו בהבחינם בין האנושות מזה ובין יקום שרירותי וחסר מובן מזה. מול הניהיליזם שזיהה בעמדה זו, העמיד יונס את הפרדוקס שעליו הצביע בעיוניו על החיים - דהיינו, את העובדה ש"הטבע שווה־הנפש… מכיל בקרבו דבר שאינו שווה־נפש לעצם הווייתו". בניסוחו של ויזה, "יונס יוצא מנקודת הנחה של טלאולוגיה אבולוציונית פנימית, המכפיפה כל יצור מוסרי לערכים שאינם ניתנים להפרכה".
יונס עשה כמיטב יכולתו לפתח פילוסופיה ואתיקה שתבהרנה את הערכים הללו מבלי לעגן אותם בדת, אבל הוא עצמו נשען לעתים קרובות למדי על אוצר מילים ועל סמלים רליגיוזיים. דוגמה לכך היא שימושו התכוף במושג "צלם האדם", המושפע בבירור מן הרעיון המקורי בדבר "צלם אלוהים" (בראשית א:כז, ט:ו). באחד ממאמריו, "חיי נצח והמזג המודרני", הוא כותב: "צלם אלוהים מאוים כפי שמעולם לא אוים קודם לכן… בידינו הרועדות אנו אוחזים, פשוטו כמשמעו, בעתיד ההרפתקה האלוהית, ואסור שנכזיב את האל, גם אם נכזיב את עצמנו". בנקודה זו הוא מציג תפיסה תיאולוגית של Deus abscunditus, אלוהות נסתרת, שהאדם נדרש באחריות כלפיה.
כיצד יש לפרש את השימוש החוזר והנשנה של יונס בסמליות דתית? האם הייתה זו בסך הכל דרך לעורר בקורא עניין באמצעות פנייה למסורת המקראית המוכרת, או שמא נחשף כאן משהו יסודי יותר בהגותו של יונס?