אם ההבדלים בהגדרות המשמשות את שתי הסוכנויות מרמזים על יעדים שונים - האחד הומניטרי והאחר פוליטי ביסודו - הרי ההיסטוריה של פעילותן במחצית המאה האחרונה מאשרת את ההנחה הזאת ללא עוררין. מאז הקמתה פעלה נציבות הפליטים להשגתן של שתי מטרות עיקריות: הגנה על הפליטים, ובכלל זה הבטחת שמירת זכויות האדם הבסיסיות שלהם ומניעת החזרתם הכפויה למדינות שבהן תלוי מעל ראשם איום הרדיפה; ופתרונם של משברים הנובעים מעצם היותם פליטים. מטרה אחרונה זו אפשר להשיג במגוון של דרכים, שכל אחת מהן תלויה בנסיבות הספציפיות של כל אוכלוסיית פליטים. ועם זאת, הניסיון לחלץ את הפליטים מן הסטטוס הזה שלהם - הן למען העקורים עצמם והן למען מדינות המקלט שלהם - עמד תמיד בראש מעייניה של נציבות הפליטים.
גם לאונר"א יועד מלכתחילה תפקיד מוגבל בזמן. הארגון הוקם בידי העצרת הכללית כדי להביא ל"הקלת הרעב והמצוקה בקרב הפליטים הפלסטינים", "בשאיפה להביא את הסעד הבינלאומי לידי גמר" בהקדם האפשרי.11 פעילות הסעד הישיר הייתה אמורה להסתיים לא יאוחר מסוף דצמבר 1950; ואולם בפועל חוּדש המנדט של אונר"א בידי העצרת הכללית של האו"ם מדי כמה שנים, ונכון להיום הוא תקף עד יוני 2008. לא נותר אפוא אלא לתהות: אם אונר"א הוקמה כסוכנות זמנית בלבד, מדוע היא עדיין פועלת כעבור יותר ממחצית המאה?
סיבה אחת קשורה כאמור בהגדרה הייחודית של הארגון למונח "פליט". בעצם הורָשַת מעמד הפליט לצאצאי הפליטים המקוריים, הבטיחה אונר"א את קיומה של אוכלוסייה גדלה והולכת הנזקקת לשירותיה. אך סיבה חשובה עוד יותר קשורה במדיניותה של הסוכנות כלפי הסכסוך הישראלי-פלסטיני: אונר"א מסרבת לשקול פתרון כלשהו לסוגיית הפליטים הפלסטינים מלבד זה שתובע העולם הערבי - מימוש זכות השיבה לישראל. על פי הנאמר באתר הארגון, אונר"א מתכוונת לעמוד לרשות הפליטים עד למימוש זכות השיבה בהתאם להחלטה 194 של האו"ם מדצמבר 12.1948 אפשר לדון עד אין קץ בשאלת הלגיטימיות והישימוּת של החלטה 194, הקובעת כי פליטים המבקשים לחזור למדינותיהם המקוריות יורשו לעשות כן בתנאים מסוימים; אולם בפועל, דבקוּתה העיקשת של אונר"א בהחלטה, לצד עידודם הפעיל של נתמכיה לנהוג כמותה, מרחיקה את הפליטים הפלסטינים מן היעד העומד לנגד עיניה של נציבות הפליטים: הבאת מצבם הבלתי רצוי לידי סיום.
יש לציין שבחתירתה לפתרונות של קבע, נציבות הפליטים אינה אדישה להעדפות של האוכלוסיות שבהן היא מטפלת. הנציבות מכירה כמובן בכך שמרבית הפליטים אשר אולצו לצאת לגלוּת יעדיפו לשוב למדינות מוצאם, ולפיכך היא מעודדת שיבה מרצון במקום שהנסיבות מאפשרות זאת, כמו באזורים שבהם יושב הסכסוך. בשנות התשעים, למשל, מילאה הנציבות תפקיד חשוב בשיבת מיליוני הפליטים האנגולים, שברחו בהמוניהם מארצם שסועת הקרבות אל נמיביה, זמביה והרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, תוך שהיא מסייעת להם באמצעי תעבורה, בתמריצים כלכליים ובעזרה מעשית כמו חומרי בנייה וציוד חקלאי. הנציבות סייעה גם לחזרתם של 300,000 תושבי סרי־לנקה אל עיירותיהם וכפריהם, לאחר שהושג הסכם הפסקת אש בין ממשלת סרי־לנקה למורדים מארגון 'הנמרים הטמיליים' בשנת 13.2002 במקרים שבהם טרם הוסר האיום אשר הביא לנטישתם של הפליטים, חותרת הנציבות לפתרון חלופי של יישוב מחדש - אם במדינת המקלט של הפליט ואם במדינה שלישית נייטרלית. שתי האפשרויות הן לעתים קרובות האמצעים היחידים להגשמת יעדה המוצהר של נציבות הפליטים, קרי מתן אפשרות לפליטים לפתוח בחיים חדשים, ובסופו של דבר לחלצם ממעמדם כפליטים.
לנציבות יש רקורד מרשים למדיי ביישובם מחדש של פליטים. מתחילת שנות השבעים ואילך ניהל הארגון כמה מבצעים נרחבים כאלה, שכולם הסתיימו בהצלחה.14 בשנת 1972, למשל, כשנשיא אוגנדה אידי אמין גירש מארצו רבים מבני המיעוט האסיאתי, פעלה נציבות הפליטים בשיתוף עם כמה ארגונים הומניטריים בינלאומיים אחרים ליישובם מחדש של כ־40,000 פליטים, בתוך חודשים ספורים, ב־25 מדינות אחרות; לאחר ההפיכה הצבאית בצ'ילה בשנת 1973, מצאו עצמם פתאום פליטים ממדינות שכנות מול משטר עוין במדינת המקלט שלהם. נציבות הפליטים הכינה במהירות מחנות שבהם התאפשר לפליטים אשר ביקשו לעזוב את צ'ילה לקבל סיוע והגנה לקראת מעברם למדינות מקלט אחרות. בתוך שנה יושבו אלפי פליטים ב־19 מדינות שונות.15
גם המזרח התיכון התנסה בפעולה יעילה זו של יישוב מחדש: בשנת 1992 ביקשה נציבות הפליטים ליישב מחדש כ־30,000 עיראקים מסעודיה לאחר שהמאמצים לקלוט אותם במדינה זו או להחזירם בהסכמה למולדתם עלו בתוהו. בשנים 1997-1992 יושבו מחדש כמעט 22,000 מהפליטים; ובתוך שנים ספורות מצאו כמעט כל הפליטים האחרים מקום מגורים חדש.16
עבור האוגנדים ממוצא אסיאתי, הצ'יליאנים והעיראקים, בדומה לאוכלוסיות רבות אחרות שהפתרון היחיד למצבן הוא יישוב מחדש, התהליך כרוך לעתים בנדידה על פני אלפי קילומטרים, ובהסתגלות לחברות שתרבותן, שפתן והמבנה החברתי שלהן שונה בתכלית. ואף על פי כן רובם המכריע של הפליטים, ובייחוד הצעירים שבהם, מתגברים בהצלחה על אתגרים אלו ופותחים דף חדש במדינות המקלט שלהם. מוזר אפוא שדווקא לפליטים הערבים־הפלסטינים - אשר רבים מהם מתגוררים היום במדינות שתרבותן, לשונן והמבנה החברתי שלהן זהה לשלהם - מעולם לא הוצע להתיישב במדינות אלו בתור פתרון קבע למצבם. ככלות הכל, הקהילה הבינלאומית - מלבד אולי מדינות ערב - מבינה היטב שהשבתם של ארבעה מיליון פליטים פלסטינים לישראל אינה אפשרות פוליטית מתקבלת על הדעת. מסיבה זו, התקווה היחידה לפתרון בעייתם המתמשכת כפליטים טמונה ביישובם מחדש במדינות ערב השכנות - לפחות עד שתקום מדינה פלסטינית.
אמנם נכון שרוב שכנותיה הערביות של ישראל (החריג החיובי היחיד בהקשר זה הוא ירדן) מנעו בעקביות אזרחות מן הפליטים הפלסטינים ומצאצאיהם - אף שרבים מהם נולדו וגדלו בתוכן - אך גם אונר"א עצמה מעולם לא חתרה לקדם את יישובם מחדש של הפליטים ולא לחצה על מדינות ערב להכיר באחריותן לפליטים על פי המשפט הבינלאומי. תחת זאת, בהתעקשותה "לשרת את הפליטים הפלסטינים עד מציאת פתרון הוגן וצודק לבעייתם",17 אימצה אונר"א את סיסמתו של הגוש הערבי והעמידה את האינטרס הפוליטי לפני השיקול ההומניטרי. אף ש"פתרון הוגן וצודק" עשוי להתפרש בנקל - כמו כשמדובר בשאר פליטי העולם - כפתרון של שילוב במקום המגורים הנוכחי ויישוב מחדש במקומות אחרים, שמטרתם פתיחת דף חדש ופורה, הרי שמבחינת אונר"א משמעותו היחידה של הביטוי היא שיבה לישראל. ברם, מאחר שפתרון זה, מסיבות דמוגרפיות מובנות מאליהן, יביא הלכה למעשה לקִצה של המדינה היהודית, אין זה סביר שניתן יהיה להוציא אותו אל הפועל כל עוד ישראל מחויבת לצביונה היהודי. וכך אונר"א עצמה מביאה בפועל להנצחתה של בעיית הפליטים הפלסטינים.
ראוי לציין שהטמעתם של הערבים שברחו מישראל בקרב האוכלוסיות השכנות הייתה בהחלט בת־השגה; לרבים מן הפליטים המקוריים, השיבה לא הייתה הפתרון הבלעדי או אפילו הרצוי. דיווחים מוקדמים, כמו מאמר שהופיע בעיתון הלבנוני אל־חיאת בשנת 1959, קבעו ש"נטיית הפליטים - למרות המקהלה הרועשת סביבם - היא לטמיעה מיידית".18 עמנואל מרקס, שכתב בג'רוזלם קוורטרלי בשלהי שנות השבעים, סיפר שעד 1968 רוב הפליטים מצאו עבודה, "השתלבו בכלכלת המדינות המארחות", וגם "עברו בתוך כך תהליך של עיוּר".19
גם היום עומדת גישתה הנוקשה של אונר"א בניגוד חריף לנטייתם הטבעית של הפליטים הפלסטינים "להמשיך הלאה בחייהם". 'בַּדיל', ארגון פלסטיני לא־ממשלתי הפועל למימוש זכות השיבה, פרסם בשנת 1997 דו"ח על מחנה הפליטים בלאטה בשכם, שבו הובעה דאגה בנוגע להשפעתן האפשרית של תכניות הפיתוח של אונר"א על זכות השיבה. בדו"ח הזהיר ד"ר מוסַלם אבו־חילו מאוניברסיטת אל־קודס בירושלים כי "ייתכן בהחלט שתכניות הפיתוח ישפיעו לרעה על תביעתם של הפליטים לשיבה; תכניות אלה עלולות להוביל את הפליטים באופן הדרגתי ולא־מודע לטמיעה וליישוב מחדש".20
למרות כל זאת היה יעד השיבה לאבן פינה בפעולותיה של אונר"א ובמדיניותה. כך קרה שבלחץ מדינות ערב הוכנסה לכתב ההסמכה של אונר"א הפניה לסעיף 11 בהחלטה 194 של העצרת הכללית משנת 1948 - סעיף הקובע כי "פליטים הרוצים לחזור לבתיהם ולחיות בשלום עם שכניהם יורשו לעשות זאת בהקדם האפשרי".21 משפט יחיד זה הוצג מאז כבסיס לטענה שלפליטים הפלסטינים יש זכות "בלתי מעורערת" לשוב לישראל. באותו סעיף בודד בהחלטת העצרת הכללית של האו"ם - שאין לה מעמד מחייב במשפט הבינלאומי - עוגנו גם סירובה המתמשך של אונר"א, במשך יותר ממחצית המאה, לפעול לפתרון מצוקתם של הפליטים במדינות המארחות שלהם, והתעקשותה לדבוק, תחת זאת, ב"זכות השיבה" שלהם. ההתעקשות על יישוב מחדש בתחומי ישראל היא שעמדה, למשל, ביסוד מדיניותה של אונר"א לשמר את המערכות הקהילתיות של החברה הפלסטינית מלפני 1948 ולחזק את זיקתם הקולקטיבית של הפליטים למקומות מוצאם, במטרה להבטיח את המשך מחויבותם לרעיון השיבה. מיד לאחר הקמתה גיבשה אונר"א שיטת רישום שהקצתה מספר לכל משפחה. מספר זה הכיל קוד בן חמש ספרות - ציון מקום מוצאה של המשפחה ב"פלסטין של לפני 1948". בדו"ח אחר מסביר ארגון 'בַּדיל' כי "שיטת הרישום שימרה את המערכת הכפרית כפי שזו התקיימה לפני מלחמת 1948".22 ואמנם, מחנות הפליטים הפלסטיניים, שנוסדו בשנת 1955, הוקמו על פי הדגם של כפרים שנעזבו בשנת 1948, והשכונות, ואפילו הרחובות, נקראו על שם אלו שנעזבו, לצורך חיזוק חלום השיבה.23
מסר השיבה חוזק גם בדרכים אחרות. בקיץ 2000, למשל, הוצעו לתושבי מחנה הפליטים דהיישה סיורים מאורגנים שיאפשרו להם לבקר בבתים שהותירו אחריהם בירושלים בשנת 1948. בשנת 2001 הרשתה אונר"א לארגון פלסטיני ששמו 'הוועדה העליונה להגנה על זכות השיבה' להיכנס לבתי הספר שבניהולה כדי לחדד את מוּדעוּת התלמידים ל"מצוקת הפליטים" וכדי לחזק את "תחושת השייכות למולדת".24 וכך, בעוד שנציבות הפליטים מבקשת לעודד השתלבות במקום מושבו החדש של הפליט, חותרת אונר"א לָהפך הגמור: להחדיר בפליטים הפלסטינים תחושה של ארעיות ולטפח את נראטיב האבדן שלהם.