בעקבות בחירות 1999 הסתמן קונצנזוס בדעת הקהל ולפיו התוצאות מאיימות לערער את הדמוקרטיה הישראלית. עליית כוחן של מפלגות כמו ש"ס וישראל ביתנו, התוקפות תדיר את מערכות המשפט ואכיפת החוק במדינה, תוארה כסכנה ממשית לערכים ולמוסדות המהווים את יסודות המשטר הדמוקרטי.
ברם, הבעיה האמיתית, שעלייתן של מפלגות אלה היא רק תוצר אחד שלה, טמונה בחיסול תפקידן של המפלגות בישראל כמי שנאבקות על לבה של המדינה כולה, ועל הזכות למשול בה. כלומר, הסכנה האמיתית אינה בכך שתנועת ש"ס קיבלה שבעה-עשר מנדטים, אלא בכך שהכוח השלטוני הגדול והמנצח בבחירות, 'ישראל אחת' המאגדת את העבודה, גשר ומימד, ומסתייעת בניצחונו הסוחף של אהוד ברק, קיבלה עשרים ושישה מנדטים בלבד.
היום אין עוד בישראל מפלגות גדולות. יש מפלגות בינוניות שלהן 26-17 מנדטים (ישראל אחת, הליכוד, ש"ס), יש מפלגות בינוניות-קטנות שלהן 10-5 מנדטים (מרצ, ישראל בעלייה, המרכז, שינוי, יהדות התורה והרשימה הערבית המאוחדת), ויש מפלגות קטנות, שלהן עד 4 מנדטים (ישראל ביתנו, האיחוד הלאומי, חדש, עם אחד, בל"ד). ישראל אחת והליכוד נוהגות כאילו היו מפלגות גדולות, אך במוקדם או במאוחר תטפח המציאות על פניהן, מציאות שנוצרה מן השילוב של שיטת בחירות כושלת עם דלות המחשבה הפוליטית בישראל - שילוב המביא להתמוטטות מתמשכת של המערכת המפלגתית במדינת ישראל.
שיטת הבחירות הנוכחית נולדה מתוך שיתוף פעולה בין אקדמאים ופעילי ציבור קצרי רואי שהתאגדו במסגרת תנועת 'חוקה לישראל' וארגונים דומים, ובין פוליטיקאים כמו יצחק רבין ובנימין נתניהו, שהבחינו בתועלת שיוכלו להפיק מן השיטה החדשה, אך לא הבחינו בתוצאותיה המזיקות לפוליטיקה הלאומית בטווח הארוך. אחרים הבחינו כבר בתחילת הדרך שהבחירה הישירה של ראש הממשלה תוביל להחלשה דרמטית של הכנסת. הם התריעו על כך שהשיטה החדשה תיצור במדינה מצב זהה לזה שנוצר בשלטון המקומי עם הנהגת אותה השיטה: ראש עירייה בעל סמכויות בלתי-מרוסנות ובית מחוקקים מקומי חלש, המפוצל לרסיסי מפלגות וסיעות. אפילו בין תומכי הבחירה הישירה עלתה הצעה לחיזוק הכנסת במקביל לחיזוקו של ראש הממשלה - בחירה ישירה של חברי הכנסת (או לפחות חלקם) בשיטה אזורית. ברם, כאשר הסתבר כי שינוי שיטת הבחירות לכנסת דורש תהליך קשה וממושך, לעומת הבחירה הישירה של ראש הממשלה, שפשטנותה זיכתה אותה בפופולריות סוחפת, ניצח הפופוליזם בקלות, והבחירה הישירה נחקקה, ללא בלמים או איזונים.
פיצול ההצבעה בשיטה החדשה יצר גם פיצול בתודעה. בפתק לראשות הממשלה, משקיט הבוחר את מצפונו הממלכתי, בכך שהוא מבטא את רצונו בכל הנוגע לשאלה מי צריך לזכות באחריות על ניהול המדינה. בפתק למפלגה, אם כן, הוא כבר חש רשאי לדאוג לארבע אמותיו העדתיות, הרעיוניות או האישיות. התוצאה היא שהמפלגות הגדולות, המבוססות על גישה ממלכתית ועל עניינים כלל-ישראליים (כגון התהליך המדיני, המדיניות הכלכלית וכדומה), איבדו כמחצית מבוחריהן מאז הפעלת השיטה החדשה. ב-1992, הבחירות האחרונות תחת השיטה הקודמת, זכתה המפלגה הגדולה בכנסת, העבודה, ב-44 מנדטים, ואילו הליכוד קיבל 40. בשנת 1996, תחת השיטה החדשה, זכתה הסיעה שאיגדה את הליכוד, גשר וצומת ב-32 מנדטים בלבד, ואילו מפלגת העבודה זכתה ב-34. ובבחירות השניות על פי שיטה זו, זכתה הסיעה הגדולה ביותר, כאמור, ב-26 מנדטים, ויחד עם הליכוד השיגו השתיים 45 מנדטים - תוצאה דומה לזו שקיבלה מפלגת העבודה לבדה רק שבע שנים לפני כן.
המספרים הללו מבטאים התפוררות של הפוליטיקה כבחירה בין שתי חלופות עיקריות המבקשות לזכות בשלטון ולהנהיג את המדינה על פי השקפת עולמן. במקום זאת היא הופכת למשחק של אינספור קבוצות ותת-קבוצות הפועלות לקידום אינטרסים כיתתיים, מקומיים, לא פעם אישיים. השיטה החדשה מציבה בפני כל ראש ממשלה מציאות פוליטית הדורשת ממנו להתייחס אל המפלגות המיוצגות בכנסת בעיקר כסחורות המוצעות למרבה במחיר. כך, למשל, היינו עדים להרכבת אותה "ממשלה רחבה" שרצה אהוד ברק - ממשלה שקווי היסוד שלה כה מעורפלים, וכה נטולי תפישת עולם מאחדת, שמפלגות סותרות מבחינה אידיאולוגית כגון מרצ, ש"ס, ישראל בעלייה והמפד"ל יושבות בה יחד בנוחות. יתר על כן, לממשלה כזאת אין אופוזיציה אפקטיבית, אלא כמה סיעות המפוצלות ומנוגדות בהשקפת עולמן, שכמעט כולן מועמדות להצטרפות או לתמיכה עתידית בממשלה. דבר זה קורה בעיקר משום שלכל אורך הדרך החזיק ברק בקלפי מיקוח רבים וכבדי משקל, וביכולת להקים כמעט כל קואליציה שירצה, בעוד שהמפלגות הבינו שהן נטולות כוח מיקוח של ממש. עד הרגע האחרון אי-אפשר היה לחזות אם יצטרפו ש"ס, יהדות התורה, מרצ והמרכז אם לאו, ואם הליכוד ושינוי יצטרפו אף הן. ואולם, הסתבר כי המפלגה החלשה ביותר במשא ומתן הייתה ישראל אחת עצמה, שראשיה לא יכלו להבטיח לעצמם תפקידים בכירים בממשלת ברק, ומצאו את עצמם תלויים לחלוטין בחסדי האיש שכמעט אינו תלוי בהם כלל. מסתבר שבמקרה הטוב, מביאה שיטה זו לאבדן כל משקל ערכי או אידיאולוגי שיש לפוליטיקה, ולהפיכתה לכלי ריק. ובמקרה הרע, מדובר בנטרול תפקידה הדמוקרטי של הכנסת, והפיכתה לחותמת גומי בלבד.